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Alex的学习笔记

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分类: MRI

使用Samseg进行全脑分割

作者 Alex发布于 2025-04-15分类 MRI标签 whole-brain segmentation于使用Samseg进行全脑分割留下评论

本文介绍使用FreeSurfer (v7.4.1)下的Samseg命令对T1加权结构像进行全脑分割的基本步骤。

使用FreeSurfer分割下丘脑亚区

作者 Alex发布于 2025-03-182025-03-18分类 MRI标签 hypothalamic subunits、segmentation于使用FreeSurfer分割下丘脑亚区留下评论

本文介绍使用FreeSurfer(v7.4.1)分割下丘脑亚区的基本步骤。

使用HCP Pipelines预处理HCP数据

作者 Alex发布于 2025-01-052025-02-22分类 MRI标签 HCP、multi-modal MRI使用HCP Pipelines预处理HCP数据有 2 条评论

本文介绍使用HCP Pipelines预处理HCP数据的基本步骤。

使用AMICO包计算NODDI指标

作者 Alex发布于 2024-11-28分类 MRI标签 DWI、microstructure于使用AMICO包计算NODDI指标留下评论

本文介绍在Python环境下使用AMICO包计算NODDI指标的基本方法。

使用NODDI工具包分析DWI数据

作者 Alex发布于 2024-11-232024-11-23分类 MRI标签 DWI、microstructure于使用NODDI工具包分析DWI数据留下评论

本文介绍在Matlab环境下使用NODDI工具包计算NDI和ODI微结构指标的基本方法。

使用ComBat方法校正站点效应

作者 Alex发布于 2024-11-04分类 MRI标签 data harmonization于使用ComBat方法校正站点效应留下评论

本文介绍在R环境下使用ComBat方法校正站点效应(site effect)。

使用FreeSurfer 7.4.1分割海马亚区

作者 Alex发布于 2024-08-312025-03-27分类 MRI标签 amygdala nuclei、hippocampal subfields于使用FreeSurfer 7.4.1分割海马亚区留下评论

本文介绍在FreeSurfer 7.4.1中进行海马亚区分割(和杏仁核亚区分割)的方法。

使用GNU Parallel进行FreeSurfer并行计算

作者 Alex发布于 2024-08-02分类 MRI标签 FreeSurfer、Parallel Computing于使用GNU Parallel进行FreeSurfer并行计算留下评论

本文介绍如何使用GNU Parallel进行多个被试的FreeSurfer并行计算。

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