CAT (Computational Anatomy Toolbox) 是一个基于SPM (Statistical Parametric Mapping) 的Matlab工具包，这里记录一下使用CAT进行VBM分析的方法。
分类： MRI
使用FSL进行VBM分析
FSL提供了一个进行VBM（Voxel-Based Morphometry）分析的流程，这里重复一下FSL官网的教程；另外，使用volBrain得到的颅骨剥离的结果替换FSL相应的部分，看看结果会如何变化。
使用GIFT进行独立成分分析
GIFT和Melodic是进行独立成分分析（ICA）最常用的两个工具。相比于Melodic，GIFT的ICA算法更丰富。另外，GIFT基于Matlab，方便在Windows系统上使用。这里介绍如何使用GIFT的图形界面和脚本进行独立成分分析，这些方法来自于GIFT官方文档。
将Melodic图形界面转换成Bash脚本
使用Melodic的图形界面可以方便地进行功能像预处理和独立成分分析，但是图形界面的流程是固定的，随着各种新的分析工具的出现，有必要替换或增减整个流程中的某些步骤。将图形界面转换成对应的Bash脚本就是便于根据自己的需求来调整整个分析流程。这里介绍用report_log.html和featlib.tcl两个文件将图形界面还原成脚本。
使用Prism-7绘制统计图
介绍使用Prism画统计图的基本做法，包括相关、单因素方差分析和双因素方差分析。
在FSLeyes中自定义颜色查找表
FSLeyes是FSL 5.0.10版本中新增加的一个查看图像的工具，以替代以前的 FSLview 。这里以Yeo七个脑网络的模板为例，介绍一下FSLeyes中如何自定义颜色查找表（Lookup Table, LUT）。
使用FSL进行基于边界的配准
基于边界的配准（Boundary-Based Registration, BBR）指的根据灰白质的边界信号差进行配准，常用于T1加权结构像和BOLD功能像的配准。这里介绍一下使用FSL进行BBR的具体步骤。
比较FSL/FreeSurfer/ANTs的脑提取工具
以一个数据为例，介绍一下FSL的Bet，FreeSurfer的recon-all以及ANTs的antsBrainExtraction.sh三种脑提取工具的用法及其表现。