GIFT和Melodic是进行独立成分分析（ICA）最常用的两个工具。相比于Melodic，GIFT的ICA算法更丰富。另外，GIFT基于Matlab，方便在Windows系统上使用。这里介绍如何使用GIFT的图形界面和脚本进行独立成分分析，这些方法来自于GIFT官方文档。
分类： MRI
将Melodic图形界面转换成Bash脚本
使用Melodic的图形界面可以方便地进行功能像预处理和独立成分分析，但是图形界面的流程是固定的，随着各种新的分析工具的出现，有必要替换或增减整个流程中的某些步骤。将图形界面转换成对应的Bash脚本就是便于根据自己的需求来调整整个分析流程。这里介绍用report_log.html和featlib.tcl两个文件将图形界面还原成脚本。
使用Prism-7绘制统计图
介绍使用Prism画统计图的基本做法，包括相关、单因素方差分析和双因素方差分析。
在FSLeyes中自定义颜色查找表
FSLeyes是FSL 5.0.10版本中新增加的一个查看图像的工具，以替代以前的 FSLview 。这里以Yeo七个脑网络的模板为例，介绍一下FSLeyes中如何自定义颜色查找表（Lookup Table, LUT）。
使用FSL进行基于边界的配准
基于边界的配准（Boundary-Based Registration, BBR）指的根据灰白质的边界信号差进行配准，常用于T1加权结构像和BOLD功能像的配准。这里介绍一下使用FSL进行BBR的具体步骤。
比较FSL/FreeSurfer/ANTs的脑提取工具
以一个数据为例，介绍一下FSL的Bet，FreeSurfer的recon-all以及ANTs的antsBrainExtraction.sh三种脑提取工具的用法及其表现。
使用ANTs构建组模板
在进行fMRI组分析的时候，需要将个体图像配准到一个参考模板上，比如MNI152模板。当研究对象是儿童、老人或者病人的时候，由于在大脑结构上的巨大差异，构建一个特异于研究对象的模板能提高配准的准确性。这里介绍使用ANTs构建模板的基本方法。
AFNI和FSL常用命令汇总
在fMRI数据处理中，有一些常用功能可以同时使用AFNI和FSL来实现，这里集中整理一下，包括：截取时间点、时间层校正、头动校正、滤波、空间平滑、提取ROI平均时间序列、重采样空间分辨率等。