Alex的学习笔记

常用Bash技巧总结2

总结最近学习的一些Bash技巧，包括整数和浮点数运算、间接变量引用、大小写字母转换、使用find查找文件并执行命令、使用sed进行文本替换。

fsl_motion_outliers是FSL提供的一个进行头动校正、计算头动指标（dvars, fd, refrms）并检测离群值（outlier）的Bash脚本，我通过学习这个脚本，试图了解如何在脚本中解析参数以及如何计算常见头动指标。

总结自己在实践中经常用到的一些Bash技巧，包括使用xargs传递参数、命令替换、定义和索引数组、操作行和列、向脚本或函数传递参数等。

尽管人类大脑在形态上变异很大，研究者们仍然试图按照某种标准将大脑细分为若干个脑区。标记脑区的方法大概可以分为手工标记和自动标记。手工标记非常耗时，ANTs提供了一种自动标记的方法。在以往手工标记结果的基础上，自动标记新的数据。

ANTs提供了一个基于volume的皮层厚度分析流程（相比于FreeSurfer基于surface的分析流程），这里记录一下如何使用ANTs计算和比较两组被试的大脑皮层厚度。

组织分割就是将MRI图像划分成不同的成分，比如灰质、白质和脑脊液等。使用ANTs进行组织分割，主要包含三个步骤：颅骨剥离、配准和组织分割。并将ANTs和FSL-FAST的分割结果进行简单比较。

使用multi-band序列扫描的功能像是否需要进行时间层校正也许仍是一件有争议的事情。这里介绍使用FSL的slicetimer进行mult-band时间层校正的方法。

CAT (Computational Anatomy Toolbox) 是一个基于SPM (Statistical Parametric Mapping) 的Matlab工具包，这里记录一下使用CAT进行VBM分析的方法。