Alex的学习笔记

在FSLeyes中自定义颜色查找表

FSLeyes是FSL 5.0.10版本中新增加的一个查看图像的工具，以替代以前的 FSLview 。这里以Yeo七个脑网络的模板为例，介绍一下FSLeyes中如何自定义颜色查找表（Lookup Table, LUT）。

WordPress通过安装不同的主题来改变网站的外观和功能。对于某个选定的主题（父主题），通过创建该主题的子主题可以对网站外观和功能做一些调整。如果直接去修改父主题的源代码，一旦升级父主题，这些修改将丢失。这里简单介绍创建子主题的步骤。

简单介绍如何在Ubuntu下本地安装WordPress，包括安装Apache、MySQL、PHP和WordPress。

基于边界的配准（Boundary-Based Registration, BBR）指的根据灰白质的边界信号差进行配准，常用于T1加权结构像和BOLD功能像的配准。这里介绍一下使用FSL进行BBR的具体步骤。

以一个数据为例，介绍一下FSL的Bet，FreeSurfer的recon-all以及ANTs的antsBrainExtraction.sh三种脑提取工具的用法及其表现。

在进行fMRI组分析的时候，需要将个体图像配准到一个参考模板上，比如MNI152模板。当研究对象是儿童、老人或者病人的时候，由于在大脑结构上的巨大差异，构建一个特异于研究对象的模板能提高配准的准确性。这里介绍使用ANTs构建模板的基本方法。

在fMRI数据处理中，有一些常用功能可以同时使用AFNI和FSL来实现，这里集中整理一下，包括：截取时间点、时间层校正、头动校正、滤波、空间平滑、提取ROI平均时间序列、重采样空间分辨率等。

提取感兴趣区（Region of Interest, ROI）即找到我们感兴趣的大脑区域并生成相应的mask文件。这里介绍如何根据三维坐标提取球形ROI和根据分区模板提取特定分区的方法。