本文记录在Ubuntu 22.04中安装FSL 6.0.7的过程。
标签: FSL
使用BET进行脑提取
使用FSL的BET进行脑提取的一些用法。
解析FSL-VBM脚本
学习FSL-VBM脚本实现细节。
使用AFNI和FSL实现一些常用小功能
总结一下如何使用AFNI和FSL实现一些常用小功能,包括将图像转换成Z分数、提取部分时间点数据、计算图像间的空间相关、生成截图、计算静息态指标以及提取ROI统计值。
PANDA实现细节
通过学习PANDA的函数,了解DWI数据处理的细节。
将Melodic图形界面转换成Bash脚本
使用Melodic的图形界面可以方便地进行功能像预处理和独立成分分析,但是图形界面的流程是固定的,随着各种新的分析工具的出现,有必要替换或增减整个流程中的某些步骤。将图形界面转换成对应的Bash脚本就是便于根据自己的需求来调整整个分析流程。这里介绍用report_log.html和featlib.tcl两个文件将图形界面还原成脚本。
在FSLeyes中自定义颜色查找表
FSLeyes是FSL 5.0.10版本中新增加的一个查看图像的工具,以替代以前的 FSLview 。这里以Yeo七个脑网络的模板为例,介绍一下FSLeyes中如何自定义颜色查找表(Lookup Table, LUT)。
AFNI和FSL常用命令汇总
在fMRI数据处理中,有一些常用功能可以同时使用AFNI和FSL来实现,这里集中整理一下,包括:截取时间点、时间层校正、头动校正、滤波、空间平滑、提取ROI平均时间序列、重采样空间分辨率等。