freeview可以方便地对体积和皮层文件进行可视化。在实际运用中,往往需要查看大量被试的数据,如果每个被试手动进行可视化,会耗费大量时间。一个解决方案是,批量生成所有被试的图片,然后查看这些图片即可。这里就介绍如何批量生成图片的方法。
分类: MRI
解析cat_batch_cat.sh脚本
cat_batch_cat.sh是CAT12工具包提供的一个通过命令行调用CAT12分析数据的Bash脚本,学习一下这个脚本。
使用SPM12进行MRI图像配准
使用SPM12将fMRI图像配准到MNI模板。
坐标系统
总结在MRI脑成像中关于坐标系统的一些概念。
使用FSLeyes进行可视化
使用FSLeyes进行可视化的一些小技巧,包括设置背景颜色、设置colormap和colorbar、可视化分区模板、查看脑区信息、查看时间序列、显示种子点功能连接、查看图像信息、设置显示空间、关联显示、保存图片。
磁共振成像基本原理
尝试总结一下常见的磁共振脑成像模态(T1-weighted/BOLD/Diffusion-weighted)的基本原理。
MNI152和fsaverage相互转换
使用RF-ANTs方法实现MNI152和fsaverage之间的相互转换。
磁共振脑成像数据分析:从陌生到熟悉
总结自己在学习磁共振(MRI)脑成像数据分析中的一些经验。