种子点功能连接指某个脑区（seed region）的平均时间序列与全脑每个体素时间序列的皮尔逊相关系数（Pearson correlation），用于刻画该脑区与其他脑区的活动一致性。如何使用AFNI和FSL计算种子点功能连接呢?
分类： MRI
CAT拾遗
总结一下最近学习的关于CAT（Computational Anatomy Toolbox）的一些小知识点，包括平滑核大小的影响、使用置换检验和TFCE进行统计分析、ROI分析、形变分析、估计不同组织总体积等。
比较GIFT和Melodic的差异
GIFT和Melodic是最常用的两个进行独立成分分析的软件包，那么这两个工具得到的结果是否有差异呢？这里用一个例子来比较GIFT和Melodic的差异。
使用gRAICAR进行独立成分分析
gRAICAR是一种针对独立成分聚类分析的算法，也可以用于对其他图像特征进行聚类。gRAICAR基于Matlab，并且提供了图形界面。
recon-all步骤解析
FreeSurfer提供的recon-all脚本包含很多处理步骤，根据我自己的了解介绍其中每个步骤的选项和意义。这些步骤、解释以及具体选项可以在FreeSurfer的ReconAllTable里找到。
使用FSL和TrackVis分析DTI数据
总结一下使用FSL和TrackVis进行DTI数据分析的基本方法，包括涡流/头动校正、张量拟合和确定性纤维束追踪。
解析antsBrainExtraction.sh脚本
antsBrainExtraction.sh是ANTs提供的一个进行颅骨剥离（也称为脑提取）的Bash脚本，通过学习这个脚本，了解进行颅骨剥离的必要步骤。
构建组水平mask的三种方法
在fMRI数据分析中，mask指的是只包含0和1的MRI图像，1表示感兴趣区域，0表示不感兴趣的区域。组水平mask就是一组被试的mask的交集，用于指示一组被试共同感兴趣的区域。构建组水平mask是非常简单的操作，这里介绍用FSL和AFNI构建组水平mask的三种方法。