gRAICAR是一种针对独立成分聚类分析的算法，也可以用于对其他图像特征进行聚类。gRAICAR基于Matlab，并且提供了图形界面。
分类： MRI
recon-all步骤解析
FreeSurfer提供的recon-all脚本包含很多处理步骤，根据我自己的了解介绍其中每个步骤的选项和意义。这些步骤、解释以及具体选项可以在FreeSurfer的ReconAllTable里找到。
使用FSL和TrackVis分析DTI数据
总结一下使用FSL和TrackVis进行DTI数据分析的基本方法，包括涡流/头动校正、张量拟合和确定性纤维束追踪。
解析antsBrainExtraction.sh脚本
antsBrainExtraction.sh是ANTs提供的一个进行颅骨剥离（也称为脑提取）的Bash脚本，通过学习这个脚本，了解进行颅骨剥离的必要步骤。
构建组水平mask的三种方法
在fMRI数据分析中，mask指的是只包含0和1的MRI图像，1表示感兴趣区域，0表示不感兴趣的区域。组水平mask就是一组被试的mask的交集，用于指示一组被试共同感兴趣的区域。构建组水平mask是非常简单的操作，这里介绍用FSL和AFNI构建组水平mask的三种方法。
解析fsl_motion_outliers脚本
fsl_motion_outliers是FSL提供的一个进行头动校正、计算头动指标（dvars, fd, refrms）并检测离群值（outlier）的Bash脚本，我通过学习这个脚本，试图了解如何在脚本中解析参数以及如何计算常见头动指标。
使用ANTs标记脑区
尽管人类大脑在形态上变异很大，研究者们仍然试图按照某种标准将大脑细分为若干个脑区。标记脑区的方法大概可以分为手工标记和自动标记。手工标记非常耗时，ANTs提供了一种自动标记的方法。在以往手工标记结果的基础上，自动标记新的数据。
使用ANTs分析皮层厚度
ANTs提供了一个基于volume的皮层厚度分析流程（相比于FreeSurfer基于surface的分析流程），这里记录一下如何使用ANTs计算和比较两组被试的大脑皮层厚度。