gRAICAR是一种针对独立成分聚类分析的算法,也可以用于对其他图像特征进行聚类。gRAICAR基于Matlab,并且提供了图形界面。
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recon-all步骤解析
FreeSurfer提供的recon-all脚本包含很多处理步骤,根据我自己的了解介绍其中每个步骤的选项和意义。这些步骤、解释以及具体选项可以在FreeSurfer的ReconAllTable里找到。
Bash中的重定向、管道和过滤器
重定向(Redirection)用于指定输入和输出的文件,管道(Pipe)用于连接多个命令,过滤器(Filters)指的是对纯文本进行过滤操作的一些命令。这三者往往结合在一起使用。
使用FSL和TrackVis分析DTI数据
总结一下使用FSL和TrackVis进行DTI数据分析的基本方法,包括涡流/头动校正、张量拟合和确定性纤维束追踪。
解析antsBrainExtraction.sh脚本
antsBrainExtraction.sh是ANTs提供的一个进行颅骨剥离(也称为脑提取)的Bash脚本,通过学习这个脚本,了解进行颅骨剥离的必要步骤。
构建组水平mask的三种方法
在fMRI数据分析中,mask指的是只包含0和1的MRI图像,1表示感兴趣区域,0表示不感兴趣的区域。组水平mask就是一组被试的mask的交集,用于指示一组被试共同感兴趣的区域。构建组水平mask是非常简单的操作,这里介绍用FSL和AFNI构建组水平mask的三种方法。
常用Bash技巧总结2
总结最近学习的一些Bash技巧,包括整数和浮点数运算、间接变量引用、大小写字母转换、使用find查找文件并执行命令、使用sed进行文本替换。
解析fsl_motion_outliers脚本
fsl_motion_outliers是FSL提供的一个进行头动校正、计算头动指标(dvars, fd, refrms)并检测离群值(outlier)的Bash脚本,我通过学习这个脚本,试图了解如何在脚本中解析参数以及如何计算常见头动指标。