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Alex的学习笔记

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年度归档: 2023 年

使用BrainSMASH进行空间相关

作者 Alex发布于 2023-07-022023-07-02分类 MRI标签 permutation test、spatial correlation于使用BrainSMASH进行空间相关留下评论

在进行不同脑图间的关联分析的时候,需要考虑到脑图本身的空间自相关性(spatial autocorrelation)。这里介绍使用Python环境下的BrainSMASH包进行空间相关的基本方法。

使用abagen包提取AHBA基因表达数据

作者 Alex发布于 2023-06-27分类 MRI标签 gene于使用abagen包提取AHBA基因表达数据留下评论

介绍使用Python环境下abagen包提取AHBA(Allen Human Brain Atlas)基因表达数据的基本方法。

使用circlize包绘制弦图

作者 Alex发布于 2023-06-242023-06-25分类 R标签 functional connectivity、visualization于使用circlize包绘制弦图留下评论

弦图(Chord Diagram)常用来可视化不同脑区的功能连接,这里介绍在R环境下使用circlize包绘制弦图的基本方法。

DARTEL工具包的基本用法

作者 Alex发布于 2023-05-142023-05-15分类 MRI标签 registration、SPM、template于DARTEL工具包的基本用法留下评论

使用SPM12里的Dartel Tools构建组水平灰白质模板、实现个体与模板之间的配准和相互转换等。

CAT拾遗3

作者 Alex发布于 2023-04-222023-09-26分类 MRI标签 DARTEL、TPM、VBMCAT拾遗3有 4 条评论

如何在CAT12中使用自定义的组织概率图谱(Tissue Probability Maps,TPM)和DARTEL模板进行分析。

使用SPM12进行组织分割

作者 Alex发布于 2023-02-132023-09-24分类 MRI标签 SPM、tissue segmentation于使用SPM12进行组织分割留下评论

简介使用SPM12进行组织分割的三种方法。

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