使用SDM-PSI进行基于坐标的元分析

介绍使用SDM-PSI(Seed-based d Mapping with Permutation of Subject Images)进行基于坐标的元分析(coordinate-based meta analysis)的基本步骤。

《使用SDM-PSI进行基于坐标的元分析》有47个想法

  1. 您好,我最近刚接触SDM-PSI,今天打开后刚刚点击change-Meta analysis想要选择自己的数据文件夹,但是程序自动关闭并且再次双击打开时无法运行,重新下载后也打不开程序了,请问有什么解决方法吗?谢谢!!

    1. 我也出现过这种情况,我的解决方案是把电脑里所有SDM的文件都删除了,包括他生成的文件,再删除了他的注册表,之后重新下载,现在正常使用了,希望能帮到你。

      1. 老师您好请问,这种删除方法会误伤其他软件吗?还是说SDM文件是这个软件独有的呢?注册表是指哪个?我之前也是遇到这个问题,试了好几台电脑都不行,就用AES—SDM做了。

        1. 我删到之后并没有造成其他软件不能使用的情况。注册表就是window+R 输入regedit,然后搜索一下SDM。

    2. 保存目录下生成的那个table 删了就行了,我遇到的情况是这样…

    3. 你好 我也遇到了这个问题 请问您是如何解决的呢

  2. 您好,我想问一下用SdmPsiGui进行TBSS分析的话,需要在预处理之前进行的操作,是需要原始研究的t统计图像才可以是吗?

    1. 我没有做过TBSS的元分析,不过我去看了一下官方的文档,我的理解是,如果你有TBSS研究的原始统计图,那么对原始统计图的处理方式和通常的元分析不一样;如果你没有原始统计图,那就和通常的元分析是一样的。

      1. 非常感谢您的回复,对我的帮助很大。想再次请教您该软件是否可以进行敏感性分析,如果可以的话是每次去掉1个研究自己再重新运行一遍数据吗?非常期待您的再次回复。

        1. 我记得好像以前的SDM是可以做敏感性分析的,在SDM-PSI里好像没有敏感性分析的选项了,我猜测是因为SDM-PSI需要重建被试数据从而进行置换检验,计算时间太长了。当然你可以手动逐一去除研究然后重复分析,但是比较麻烦。

          1. 您好,我现在也涉及到要进行敏感性分析的问题,请问这个是必须进行的一步吗,如果SDM-PSI没有办法进行的话是否有别的程序可以进行敏感性分析呢。还想要请教您的一个问题是SDM-PSI运行Bias test后发现Metabias test的p值是0.006,Excess Significance test的p值是0.964,这是否表明存在发表偏倚呢,如果存在的话要如何处理,非常感谢

            1. (1)我也不清楚是否还有其他方法可以进行敏感性分析;(2)我感觉你的结果表明存在publication bias,不过我很久没做过元分析了,而且这部分内容SDM-PSI文档介绍得不是很多,所以我并不十分确定。如果确实存在publication bias,要怎么校正我也不清楚。不过我印象中,这些分析是针对每一个cluster单独进行的,一个cluster有bias,不表示其他cluster也有。所以我觉得这是影像元分析和一般的元分析不一样的地方。(3)我的建议是,一方面可以去SDM的官方论坛问一问,这个应该是最权威的信息来源;另一方面可以参考使用SDM-PSI发表的文献或者使用其他软件做的影像元分析的文献,如果大多数文献都没有做这些,我感觉就不必太纠结这部分分析的结果。

  3. 您好,我想请教一下。我做完jackknife sensitivity analysis后,得到的数据结果并不稳定。是哪里出问题了吗?

    1. jackknife sensitivity analysis应该就是每次去掉一个研究,然后重复分析吧?可能是某一个或一些研究的结果和其他研究的结果明显不同,影响了结果的稳定性。不过我对元分析了解很浅,建议咨询这方面更专业的老师。

  4. 请问SDM-PSI和AES-SDM有什么区别啊?

    1. 个人感觉是统计方法不同,SDM-PSI使用置换检验进行统计推断。

      1. 谢谢回复!我用这个方法走了一遍,发现自己的结果和你的也不一样哎

        1. 如果不固定随机种子,那么置换检验每次的结果确实很有可能不同。置换次数越多,结果越稳定。如果我们结果差别太大,也有可能是对输入数据的编码上有不同。

          1. 好的,还有就是想问一下Meta和FWE过程大概需要多久呢,我的好几个小时没有运行出来,停在第三个进度条上了…

            1. 我印象中确实需要花费很长的时间,置换次数越多,时间就越长。如果你第一次跑,可以设置较少的置换次数,比如100,整个流程跑通了,再重新设置为正常的置换次数。

  5. 你好,请问一下,坐标点给的不是t值,而是z值或F值,这种要怎么把它们转换成t值呀?

    1. Z值的话,可以使用官方提供的小工具进行转换。F值的话,不清楚。

  6. 您好,我这边有一个小问题想咨询一下您,就是我在跑prepocessing过程中,它显示WARNING: File ‘Schmitgen.spm_mni.txt’ does not appear to have correct coordinates: too many tokens,所以想请问一下这个是什么原因引起的。

  7. 您好,又来打扰您了!我在提取坐标时,有的坐标点的z值>9.99,转换为t值后显示为inf,请问这种情况应该如何解决呀?

  8. 您好,在进行基于坐标的元分析时,协变量的数据一般是如何提取输入的呀?比如我要进行年龄和性别的协变量分析,那么我是像示例给的那样在sdm_table中输入每项研究的两个组的mean和sd吗?性别又以什么形式输入数据呢?

    1. 我不清楚你说的协变量分析是什么意思。SDM-PSI可以进行亚组分析,比如可以把性别编码为0和1,看每个性别内的效应。也可以进行元回归,比如看效应和年龄的线性关系。不过这些我都没有实际做过,具体操作还是要参考官方文档。

  9. 您好,我想请教一下。我想通过SDM-PSI对fMRI的一些指标,例如ALFF/fALFF、ReHo、FC等,进行基于坐标的meta分析,那么我在prepocessing开始时应该怎样修改参数才是正确的呢,比如Modality和Correlation template的设置。此外,当我尝试通过Threshold生成结果时,Execution Log显示出错,例如“WARNING: File ‘E:/SDM-PSI/rTMS-PSCI/ALFF’ was not found or is not a NIfTI file (unknown extension). WARNING: File ‘foothr’ was not found or is not a NIfTI file (unknown extension).
    WARNING: File ‘foomul’ was not found or is not a NIfTI file (unknown extension)”。请问我该怎么去解决它,十分感谢。

      1. 十分感谢您的建议,我的问题已经得到解决,祝您生活愉快。

  10. 老师您好,想请教一下Mac版本最初设置brain viewer路径时,应该选择什么路径的MRIcron呢,Mac系统的.dmg和.app都无法识别。

    1. 我目前身边没有Mac电脑可以测试,我印象中.app是一个文件夹结构,MRIcron的可执行文件应该在这个文件夹里。

        1. 右键单击app应该有一个“显示包内容”选项,然后可以找到命令的路径。不过我这里没有办法测试,我在网上搜了一下。

  11. 谢谢!不过我用了那个可执行文件,SDM里面还是提示路径错误的❌

  12. 你好,请问如何提取那么多文献里面的坐标困住了我,请问有什么快速的方法吗?

  13. 你好!请问SDM-PSI生成的结果文件,显示的脑区是依据哪个模版呢?

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