您好,我这边有一个小问题想咨询一下您,就是我在跑prepocessing过程中,它显示WARNING: File ‘Schmitgen.spm_mni.txt’ does not appear to have correct coordinates: too many tokens,所以想请问一下这个是什么原因引起的。
您好,我想请教一下。我想通过SDM-PSI对fMRI的一些指标,例如ALFF/fALFF、ReHo、FC等,进行基于坐标的meta分析,那么我在prepocessing开始时应该怎样修改参数才是正确的呢,比如Modality和Correlation template的设置。此外,当我尝试通过Threshold生成结果时,Execution Log显示出错,例如“WARNING: File ‘E:/SDM-PSI/rTMS-PSCI/ALFF’ was not found or is not a NIfTI file (unknown extension). WARNING: File ‘foothr’ was not found or is not a NIfTI file (unknown extension).
WARNING: File ‘foomul’ was not found or is not a NIfTI file (unknown extension)”。请问我该怎么去解决它,十分感谢。
您好,我最近刚接触SDM-PSI,今天打开后刚刚点击change-Meta analysis想要选择自己的数据文件夹,但是程序自动关闭并且再次双击打开时无法运行,重新下载后也打不开程序了,请问有什么解决方法吗?谢谢!!
我确实不太清楚,因为我用的时候挺顺利的,没有遇到过类似的报错。你可以去SDM的论坛上提问(https://www.nitrc.org/forum/forum.php?forum_id=3982),看看软件开发者能否解决你的问题。
好的好的谢谢,已经解决了
我也出现过这种情况,我的解决方案是把电脑里所有SDM的文件都删除了,包括他生成的文件,再删除了他的注册表,之后重新下载,现在正常使用了,希望能帮到你。
老师您好请问,这种删除方法会误伤其他软件吗?还是说SDM文件是这个软件独有的呢?注册表是指哪个?我之前也是遇到这个问题,试了好几台电脑都不行,就用AES—SDM做了。
我删到之后并没有造成其他软件不能使用的情况。注册表就是window+R 输入regedit,然后搜索一下SDM。
保存目录下生成的那个table 删了就行了,我遇到的情况是这样…
你好 我也遇到了这个问题 请问您是如何解决的呢
您好,我想问一下用SdmPsiGui进行TBSS分析的话,需要在预处理之前进行的操作,是需要原始研究的t统计图像才可以是吗?
我没有做过TBSS的元分析,不过我去看了一下官方的文档,我的理解是,如果你有TBSS研究的原始统计图,那么对原始统计图的处理方式和通常的元分析不一样;如果你没有原始统计图,那就和通常的元分析是一样的。
非常感谢您的回复,对我的帮助很大。想再次请教您该软件是否可以进行敏感性分析,如果可以的话是每次去掉1个研究自己再重新运行一遍数据吗?非常期待您的再次回复。
我记得好像以前的SDM是可以做敏感性分析的,在SDM-PSI里好像没有敏感性分析的选项了,我猜测是因为SDM-PSI需要重建被试数据从而进行置换检验,计算时间太长了。当然你可以手动逐一去除研究然后重复分析,但是比较麻烦。
您好,我现在也涉及到要进行敏感性分析的问题,请问这个是必须进行的一步吗,如果SDM-PSI没有办法进行的话是否有别的程序可以进行敏感性分析呢。还想要请教您的一个问题是SDM-PSI运行Bias test后发现Metabias test的p值是0.006,Excess Significance test的p值是0.964,这是否表明存在发表偏倚呢,如果存在的话要如何处理,非常感谢
(1)我也不清楚是否还有其他方法可以进行敏感性分析;(2)我感觉你的结果表明存在publication bias,不过我很久没做过元分析了,而且这部分内容SDM-PSI文档介绍得不是很多,所以我并不十分确定。如果确实存在publication bias,要怎么校正我也不清楚。不过我印象中,这些分析是针对每一个cluster单独进行的,一个cluster有bias,不表示其他cluster也有。所以我觉得这是影像元分析和一般的元分析不一样的地方。(3)我的建议是,一方面可以去SDM的官方论坛问一问,这个应该是最权威的信息来源;另一方面可以参考使用SDM-PSI发表的文献或者使用其他软件做的影像元分析的文献,如果大多数文献都没有做这些,我感觉就不必太纠结这部分分析的结果。
您好,我想请教一下。我做完jackknife sensitivity analysis后,得到的数据结果并不稳定。是哪里出问题了吗?
jackknife sensitivity analysis应该就是每次去掉一个研究,然后重复分析吧?可能是某一个或一些研究的结果和其他研究的结果明显不同,影响了结果的稳定性。不过我对元分析了解很浅,建议咨询这方面更专业的老师。
你好,可以要一个以前版本的SDM吗
你打开下面这个链接就可以下载旧版本的SDM:
https://www.sdmproject.com/software/updates/
请问SDM-PSI和AES-SDM有什么区别啊?
个人感觉是统计方法不同,SDM-PSI使用置换检验进行统计推断。
谢谢回复!我用这个方法走了一遍,发现自己的结果和你的也不一样哎
如果不固定随机种子,那么置换检验每次的结果确实很有可能不同。置换次数越多,结果越稳定。如果我们结果差别太大,也有可能是对输入数据的编码上有不同。
好的,还有就是想问一下Meta和FWE过程大概需要多久呢,我的好几个小时没有运行出来,停在第三个进度条上了…
我印象中确实需要花费很长的时间,置换次数越多,时间就越长。如果你第一次跑,可以设置较少的置换次数,比如100,整个流程跑通了,再重新设置为正常的置换次数。
请问一下,spm_table里面的t_thr值怎么换算?
SDM官网上了提供了将P值/Z值转换为T值的工具:https://www.sdmproject.com/utilities/?show=Statistics
你好,请问一下,坐标点给的不是t值,而是z值或F值,这种要怎么把它们转换成t值呀?
Z值的话,可以使用官方提供的小工具进行转换。F值的话,不清楚。
您好,我这边有一个小问题想咨询一下您,就是我在跑prepocessing过程中,它显示WARNING: File ‘Schmitgen.spm_mni.txt’ does not appear to have correct coordinates: too many tokens,所以想请问一下这个是什么原因引起的。
在SDM的论坛上搜索到一个同样的问题,不知道能不能解决你的问题:https://www.nitrc.org/forum/message.php?msg_id=11898
您好,又来打扰您了!我在提取坐标时,有的坐标点的z值>9.99,转换为t值后显示为inf,请问这种情况应该如何解决呀?
我没有遇到过这种情况,我去SMD的论坛上搜索了一下:
https://www.nitrc.org/forum/message.php?msg_id=15182
https://www.nitrc.org/forum/message.php?msg_id=23407
根据上面两个链接,感觉这么高的Z值可能是论文作者把T值当成了Z值,可以考虑用其他研究里最高的Z值或T值来代替。
您好,在进行基于坐标的元分析时,协变量的数据一般是如何提取输入的呀?比如我要进行年龄和性别的协变量分析,那么我是像示例给的那样在sdm_table中输入每项研究的两个组的mean和sd吗?性别又以什么形式输入数据呢?
我不清楚你说的协变量分析是什么意思。SDM-PSI可以进行亚组分析,比如可以把性别编码为0和1,看每个性别内的效应。也可以进行元回归,比如看效应和年龄的线性关系。不过这些我都没有实际做过,具体操作还是要参考官方文档。
您好,我想请教一下。我想通过SDM-PSI对fMRI的一些指标,例如ALFF/fALFF、ReHo、FC等,进行基于坐标的meta分析,那么我在prepocessing开始时应该怎样修改参数才是正确的呢,比如Modality和Correlation template的设置。此外,当我尝试通过Threshold生成结果时,Execution Log显示出错,例如“WARNING: File ‘E:/SDM-PSI/rTMS-PSCI/ALFF’ was not found or is not a NIfTI file (unknown extension). WARNING: File ‘foothr’ was not found or is not a NIfTI file (unknown extension).
WARNING: File ‘foomul’ was not found or is not a NIfTI file (unknown extension)”。请问我该怎么去解决它,十分感谢。
1. 因为我很久没有做过meta分析,也没有再使用过SDM-PSI,所以记不清了。不过在官方教程上有写(https://www.sdmproject.com/manual/?show=pp),如果是fMRI,模态就选“Functional MRI or PET”。
2. 我在官方论坛上搜索了一下,发现类似的问题(https://www.nitrc.org/forum/message.php?msg_id=28690),你的文件夹名字有空格吗?如果有空格,可能会导致报错。
十分感谢您的建议,我的问题已经得到解决,祝您生活愉快。
老师您好,想请教一下Mac版本最初设置brain viewer路径时,应该选择什么路径的MRIcron呢,Mac系统的.dmg和.app都无法识别。
我目前身边没有Mac电脑可以测试,我印象中.app是一个文件夹结构,MRIcron的可执行文件应该在这个文件夹里。
没有诶,.app就是打开软件了,不是一个文件夹结构
右键单击app应该有一个“显示包内容”选项,然后可以找到命令的路径。不过我这里没有办法测试,我在网上搜了一下。
谢谢!不过我用了那个可执行文件,SDM里面还是提示路径错误的
我在官方论坛上搜索了一下,发现类似的问题:https://www.nitrc.org/forum/message.php?msg_id=32452,好消息是即使无法设置MRIcron,对分析没有影响,可以分析完了再用MRIcron查看结果。
你好,请问如何提取那么多文献里面的坐标困住了我,请问有什么快速的方法吗?
我感觉没有快速又准确的方法。neurosynth(https://neurosynth.org/)会自动提取文献里的坐标信息,但是很多信息可能是错的。
你好!请问SDM-PSI生成的结果文件,显示的脑区是依据哪个模版呢?
我在SDM论坛上简单搜索了一下,软件作者有给出使用的分区模板的来源:https://www.nitrc.org/forum/message.php?msg_id=27414