antsBrainExtraction.sh是ANTs提供的一个进行颅骨剥离（也称为脑提取）的Bash脚本，通过学习这个脚本，了解进行颅骨剥离的必要步骤。
构建组水平mask的三种方法
在fMRI数据分析中，mask指的是只包含0和1的MRI图像，1表示感兴趣区域，0表示不感兴趣的区域。组水平mask就是一组被试的mask的交集，用于指示一组被试共同感兴趣的区域。构建组水平mask是非常简单的操作，这里介绍用FSL和AFNI构建组水平mask的三种方法。
常用Bash技巧总结2
总结最近学习的一些Bash技巧，包括整数和浮点数运算、间接变量引用、大小写字母转换、使用find查找文件并执行命令、使用sed进行文本替换。
解析fsl_motion_outliers脚本
fsl_motion_outliers是FSL提供的一个进行头动校正、计算头动指标（dvars, fd, refrms）并检测离群值（outlier）的Bash脚本，我通过学习这个脚本，试图了解如何在脚本中解析参数以及如何计算常见头动指标。
常用Bash技巧总结
总结自己在实践中经常用到的一些Bash技巧，包括使用xargs传递参数、命令替换、定义和索引数组、操作行和列、向脚本或函数传递参数等。
使用ANTs标记脑区
尽管人类大脑在形态上变异很大，研究者们仍然试图按照某种标准将大脑细分为若干个脑区。标记脑区的方法大概可以分为手工标记和自动标记。手工标记非常耗时，ANTs提供了一种自动标记的方法。在以往手工标记结果的基础上，自动标记新的数据。
使用ANTs分析皮层厚度
ANTs提供了一个基于volume的皮层厚度分析流程（相比于FreeSurfer基于surface的分析流程），这里记录一下如何使用ANTs计算和比较两组被试的大脑皮层厚度。
使用ANTs进行组织分割
组织分割就是将MRI图像划分成不同的成分，比如灰质、白质和脑脊液等。使用ANTs进行组织分割，主要包含三个步骤：颅骨剥离、配准和组织分割。并将ANTs和FSL-FAST的分割结果进行简单比较。