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Alex的学习笔记

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使用gRAICAR进行独立成分分析

作者 Alex发布于 2018-08-262023-07-16分类 MRI标签 clustering、fMRI、group ICA于使用gRAICAR进行独立成分分析留下评论

gRAICAR是一种针对独立成分聚类分析的算法,也可以用于对其他图像特征进行聚类。gRAICAR基于Matlab,并且提供了图形界面。

recon-all步骤解析

作者 Alex发布于 2018-07-222023-07-14分类 MRI标签 FreeSurfer、surface reconstruction、T1于recon-all步骤解析留下评论

FreeSurfer提供的recon-all脚本包含很多处理步骤,根据我自己的了解介绍其中每个步骤的选项和意义。这些步骤、解释以及具体选项可以在FreeSurfer的ReconAllTable里找到。

Bash中的重定向、管道和过滤器

作者 Alex发布于 2018-06-232023-07-12分类 Linux标签 commandline于Bash中的重定向、管道和过滤器留下评论

重定向(Redirection)用于指定输入和输出的文件,管道(Pipe)用于连接多个命令,过滤器(Filters)指的是对纯文本进行过滤操作的一些命令。这三者往往结合在一起使用。

使用FSL和TrackVis分析DTI数据

作者 Alex发布于 2018-05-222023-07-10分类 MRI标签 DTI、DWI、FA、Tractography使用FSL和TrackVis分析DTI数据有 27 条评论

总结一下使用FSL和TrackVis进行DTI数据分析的基本方法,包括涡流/头动校正、张量拟合和确定性纤维束追踪。

解析antsBrainExtraction.sh脚本

作者 Alex发布于 2018-04-092023-07-08分类 MRI标签 ANTs、brain extraction、Skull strip解析antsBrainExtraction.sh脚本有 1 条评论

antsBrainExtraction.sh是ANTs提供的一个进行颅骨剥离(也称为脑提取)的Bash脚本,通过学习这个脚本,了解进行颅骨剥离的必要步骤。

构建组水平mask的三种方法

作者 Alex发布于 2018-04-012023-07-08分类 MRI标签 group mask于构建组水平mask的三种方法留下评论

在fMRI数据分析中,mask指的是只包含0和1的MRI图像,1表示感兴趣区域,0表示不感兴趣的区域。组水平mask就是一组被试的mask的交集,用于指示一组被试共同感兴趣的区域。构建组水平mask是非常简单的操作,这里介绍用FSL和AFNI构建组水平mask的三种方法。

常用Bash技巧总结2

作者 Alex发布于 2018-03-272023-07-12分类 Linux标签 shell scripting于常用Bash技巧总结2留下评论

总结最近学习的一些Bash技巧,包括整数和浮点数运算、间接变量引用、大小写字母转换、使用find查找文件并执行命令、使用sed进行文本替换。

解析fsl_motion_outliers脚本

作者 Alex发布于 2018-03-172023-07-07分类 MRI标签 dvars、fd、head motion、refrms于解析fsl_motion_outliers脚本留下评论

fsl_motion_outliers是FSL提供的一个进行头动校正、计算头动指标(dvars, fd, refrms)并检测离群值(outlier)的Bash脚本,我通过学习这个脚本,试图了解如何在脚本中解析参数以及如何计算常见头动指标。

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