《使用SUIT分析小脑数据》有50个想法

  1. 老师 可以分享一下这个SUIT工具包吗 官网下载下来被破坏了 感恩感谢了

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  3. 老师您好，我在第一步segmentation&isolation报错：
    Undefined function ‘vararginoptions’ for input arguments of type ‘cell’.
    In file “D:\matlab2013b\toolbox\spm12\toolbox\suit\suit_isolate_seg.m” (???), function “suit_isolate_seg” at line 84.
    In file “D:\matlab2013b\toolbox\spm12\toolbox\suit\suit_isolate_seg.m” (???), function “suit_isolate_seg” at line 202.
    您知道是什么原因吗？

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  4. 老师，您好，我看在每一步预处理的过程中，每一名被试的结果都要分开输进去，如果有上百例被试的话，在数据重采样到 SUIT 模板空间这一步的时候，要点上千次，太麻烦了，请问老师有批处理的代码吗

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    1. 确实很麻烦，不过我并没有批处理代码，因为我自己对suit了解也很少，不过我记得suit官方教程上是有介绍具体调用的函数，你可以参考一下函数用法。

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  5. 老师，您好。我按照您给的教程做完小脑预处理之后，接下来要提取小脑分区的灰质体积值，先在suit目录下新建文件夹atlas，将Cerebellum-SUIT.nii放进去，然后选择该模板，运行，一直报下面的错误：
    12-Aug-2022 09:51:05 – Failed ‘Summarize statistics by lobules’
    错误使用 vararginoptions (line 44)
    unknown option:regionname
    这是模板有问题吗？可不可以将教程里用的模板分享给我？

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    1. 也许是suit版本的问题，我很久没用过这个工具包，我把我以前用的版本发给你试试。注意查收邮箱。

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      1. 我也遇到了相似的问题，可不可以再分享一次您使用的版本啊。谢谢您。

        老师，您好。我按照您给的教程做完小脑预处理之后，接下来要提取小脑分区的灰质体积值，先在suit目录下新建文件夹atlas，将Cerebellum-SUIT.nii放进去，然后选择该模板，运行，一直报下面的错误：
        12-Aug-2022 09:51:05 – Failed ‘Summarize statistics by lobules’
        错误使用 vararginoptions (line 44)
        unknown option:regionname
        这是模板有问题吗？可不可以将教程里用的模板分享给我

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    2. 我也遇到了同样的问题，不知道您是怎么解决的?
      Failed ‘Summarize statistics by lobules’

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  6. 老师，您好！我下载了suit-3.5版本，放入spm12的toolbox之后，在matlab里打开spm，toolbox界面没有显示SUIT，请问这是什么原因，如何解决这个问题？谢谢您！

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    1. 我不太清楚，你的suit文件夹的名字是suit吗？是不是还有其他字符？

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      1. 老师您好！我下载工具包并解压之后是suit-3.5

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  8. 老师您好，请问您计算ROI分区体积用的是“Lobule-SUIT.nii”模板，还是“Cerebellum-SUIT.nii”模板，如果是前者的话，可以分享一下该模板吗？我在网上各处都没有找到这个模板了。

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    1. 我很久没用过SUIT这个包了，从PDF文档里看来，用的是Cerebellum-SUIT.nii。
      另外，我更倾向于用CAT12来做，因为比较新的CAT12包里也有SUIT的小脑分区。我并不觉得SUIT包的小脑分析更准确。

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  9. 老师，请问您计算ROI分区体积，最后得到的nanmean值表示的是灰质体积比例，请问这个比例谁比谁的比例呢

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    1. 这个比例指的是一个体素的灰质比例，比如，0.5表示一个体素中有50%是灰质。根据体素大小和脑区体素个数，也可以把这个灰质比例换算成绝对体积（mm^3）。

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      1. 老师，如果想获取脑区的灰质体积是不是用nanmean这个比列乘以s脑区size就可以得到这个脑区的灰质体积了？

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          1. 老师 请问一下这个体积相当于VBM的计算吗，我看您的PPT最后说Voxel-wise分析不赘述，我先完成前面四步了，目前想进行小脑灰质的VBM分析

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            1. 目前文档里呈现的是ROI分析的结果，也就是根据分区模板得到每个脑区的灰质体积。如果要做VBM，即每个体素的统计比较，可以用第3步生成的 wc*seg1.nii文件去做后续分析。如果你不熟悉VBM的一般流程，可以参考我写的VBM的内容：https://alexbrain.cn/?s=VBM

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              2. 老师，请问用suit第3步生成的wc*seg1.nii文件去按照您VBM教程来做的话，是直接从DARTEL配准开始吗？而且我看您说的第三步的估计颅内体积需要第一步组织分割的结果 ，是否意味着用suit生成的wc*seg1.nii文件还是用不上呢？

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                1. （1）DARTEL配准已经做过了，不需要再做。可以对wc*seg1.nii进行平滑，然后做统计分析。
                  （2）如果需要计算TIV，确实需要重做第一步的segment，因为计算TIV需要根据全脑图像。SUIT的分析只做了小脑部分。

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  10. 老师您好，请问在Reslice的步骤可以应用到fMRI数据上吗？

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    1. 我觉得应该可以，只要你的fMRI数据已经对齐到T1数据上了，因为suit本身是基于SPM，所以我觉得操作应该是相似的。不过我并没有测试过。

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  11. 解压后，将suit⽂件夹放在SPM12的toolbox⽬录下了，但是打开SPM后，在SPM的toolbox下选择看不到suit？请问这是什么原因，下载的suit-3.5版本

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  12. 请问老师，我在完成图像预处理之后，对图像分割怎么可以批处理，我放了多个被试结果，他只运行了第一个，请问怎么处理呢

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    1. 也许只能使用脚本来实现多被试的分析。我写了一个简单的教程，介绍如何通过脚本使用SPM的分析模块：https://brainbbs.cn/t/topic/390

      如果你对Matlab代码有基本的了解，应该就没啥问题。

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      1. 好的，我在按您的教程运行的时候，报错如下，我该怎么解决呢
        u_a_rrHC003_seg1: atemp_rrHC003_seg1 1,1,1
        17-Apr-2024 21:33:02 – Failed ‘Reslice into SUIT space using Dartel flowfield’
        无法执行赋值，因为左侧的大小为 71×48，右侧的大小为 141×95。
        In file “/FileSys/shilinfeng/spm12/toolbox/suit/suit_reslice_dartel.m” (???), function “suit_reslice_dartel” at line 115.

        The following modules did not run:
        Failed: Reslice into SUIT space using Dartel flowfield

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        1. 你这个是用图形界面做的分析，还是代码？光从报错信息，我也无法判断是什么问题。

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        2. 我一般在学习一个新软件的时候，会先跑一个被试，把整个流程跑通，确保操作上没问题。如果跑一个被试没问题，但是多被试有问题，也可能是某些被试数据不太一样。

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          1. 这个是图形界面做的，我在图形界面Reslice into SUIT space using Dartel flowfield这一步只放一个被试就没有问题，如果我放多个被试就会报如上的错误

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          2. 我跑一个被试没有报错，但是同时在一个界面放多个被试就会报错

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            1. 抱歉，你这两条评论被网站系统当成垃圾评论了，所以我没有收到提醒。不过对于这个问题我确实没有遇到过，根据报错信息也许可以检查一下HC003数据是否有啥不同之处。

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  13. 错误使用 suit_ROI_summarize
    Atlas file: D:\Functionsoftware\spm12\toolbox\suit\templates\SUIT.nii,1 not found.
    You may have to download github/DiedrichsenLab/cerebellar_atlases,
    or set the location of the atlas directory in suit_defaults.m
    In file “D:\Functionsoftware\spm12\toolbox\suit\suit_ROI_summarize.m” (???), function “suit_ROI_summarize” at line 69.
    In file “D:\Functionsoftware\spm12\toolbox\suit\suit_run_ROI_summarize.m” (???), function “suit_run_ROI_summarize” at line 11.

    The following modules did not run:
    Failed: Summarize images by ROIs (atlas)
    你好，最后一个步骤提取数值报错，官网下载的软件，是否提示还需要下载什么软件包？

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  14. 老师，我想问下预处理的时候输入完那个调整原点前联合的代码进matlab之后弹出error：Function definitions are not permitted in this context. 是什么原因呢

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    1. 那个代码是定义了一个Matlab函数，你可以先把这段代码复制到一个.m文件中，并命名为auto_reorient.m（要确保auto_reorient.m在当前路径下或者在搜索路径中），然后在命令行窗口运行auto_reorient即可。

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