使用FSL进行基于纤维束骨架的方法（Tract-Based Spatial Statistics, TBSS）分析弥散加权MRI数据。
使用PANDA分析DWI数据
PANDA是一个基于Matlab的分析DWI数据的工具包，可以对DTI指标进行基于ROI和TBSS分析，以及进行基于确定性或概率性纤维追踪的结构连接分析。
使用FIRST分析皮下核团形变
介绍使用FSL的FIRST分析皮下核团形变的方法。
使用SPM12进行VBM分析
介绍使用SPM12进行基于体素的形态学分析（VBM）的步骤。
使用SUIT分析小脑数据
使用SUIT进行小脑的形态学分析（灰质体积）的基本方法。
使用DPABI进行统计分析
总结使用DPABI的统计模块对MRI图像进行统计分析的基本方法，并与SPM的统计结果进行简单对比。
使用DPARSF处理静息态fMRI数据
DPARSF是一个基于SPM的静息态fMRI数据处理软件，提供了流行的静息态 fMRI 数据处理方案。DPARSF在其官网上有视频教程，这里是我自己的学习总结，理解不一定准确。
使用BrainNet Viewer进行可视化
BrainNet Viewer是一个基于MATLAB的可视化工具，适合于展示基于图论的脑网络分析结果。