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Alex的学习笔记

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使用DPARSF处理静息态fMRI数据

作者 Alex发布于 2019-03-072023-08-06分类 MRI标签 resting state fMRI、SPM于使用DPARSF处理静息态fMRI数据留下评论

DPARSF是一个基于SPM的静息态fMRI数据处理软件,提供了流行的静息态 fMRI 数据处理方案。DPARSF在其官网上有视频教程,这里是我自己的学习总结,理解不一定准确。

使用BrainNet Viewer进行可视化

作者 Alex发布于 2019-01-122023-08-02分类 MRI标签 graph analysis、visualization于使用BrainNet Viewer进行可视化留下评论

BrainNet Viewer是一个基于MATLAB的可视化工具,适合于展示基于图论的脑网络分析结果。

如何去除fcMRI头动噪声

作者 Alex发布于 2019-01-122023-07-31分类 MRI标签 fMRI、head motion于如何去除fcMRI头动噪声留下评论

分享一篇2018年发表在Nature Protocols上的文章,该文章提出了一个去除functional connectivity MRI(fcMRI)中头动噪声的最佳方案。

使用SimTB生成模拟fMRI数据

作者 Alex发布于 2019-01-012023-07-28分类 MRI标签 ICA、simulation data于使用SimTB生成模拟fMRI数据留下评论

SimTB是一个生成模拟fMRI数据的MATLAB工具包,这里介绍它的原理和基本用法。

实现TFCE校正的三种方法

作者 Alex发布于 2018-12-162023-07-20分类 MRI标签 FWE、Permutation、TFCE实现TFCE校正的三种方法有 19 条评论

TFCE(Threshold Free Cluster Enhancement)是一种比较流行的多重比较校正方法,这里介绍实现TFCE校正的三种方法,包括FSL的randomise命令、基于SPM的TFCE和pTFCE插件。

在GIFT中标记成分

作者 Alex发布于 2018-12-152023-07-27分类 MRI标签 component labelling、GIFT、ICA在GIFT中标记成分有 16 条评论

总结GIFT工具包中提供的与标记独立成分有关的三个小工具。标记成分是为了找到我们感兴趣的成分,为后续分析做准备。

CAT拾遗2

作者 Alex发布于 2018-12-152023-07-24分类 MRI标签 CAT、Morphometry、SPMCAT拾遗2有 10 条评论

总结如何使用CAT进行基于皮层的形态学分析(Surface-Based Morphometry),包括估计皮层指标(厚度、沟回指数、沟深、复杂度等)、平滑和重采样、统计分析和可视化。

使用xjview进行可视化

作者 Alex发布于 2018-11-222023-07-20分类 MRI标签 visualization于使用xjview进行可视化留下评论

使用xjview进行可视化和脑区定位的基本方法。

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